تعیین هویت مولکولی ویروس نیوکاسل در سندروم تنفسی گله های گوشتی استان اصفهان

Abstract

از زمان چارلز داروین، آرزوی بسیاری از بیولوژیست ها بود که بتوانند تاریخچه‌ی تکاملی همه‌ی ارگانیسم های روی کره ی زمین را بازسازی کرده و به فرم درخت تکاملی بیان کنند. فیلوژنی از فواصل تکاملی و یا روابط تکاملی، به منظور طبقه بندی ارگانیسم ها (تاکسونومی) بهره می برد. تا زمانی که انسان توانایی توالی یابی ژنوم را نداشت، کنار هم چیدن گونه ها برای رسم روابط تکاملی به دشواری و با دقت کمتری انجام می پذیرفت. قبل از این که درخت های فیلوژنی بر پایه اصول ژنومیک ترسیم شوند، دانشمندان با توجه به ویژگی های مورفولوژیکی جانداران و فسیل های باقی مانده از آن ها جداول تکاملی رسم کرده و تقدم-تأخر تکاملی را مورد بررسی قرار می دادند. اما پس از فراهم شدن روش های توالی یابی ژنوم در سطوح DNA و RNA، فرضیه ها و نظریه های مختلف بر اساس شواهد عینی رد یا پذیرفته شدند.

روابط فیلوژنتیک بین ارگانیسم ها بوسیله‌ی درجه و نوع فواصل تکاملی تعیین می گردد. برای درک بهتر این موضوع، بایستی با مفهوم تاکسونومی آشنا شویم. تاکسونومی علم نامگذاری، دسته بندی و توصیف ارگانیسم ها می باشد. تاکسونومیست ها ارگانیسم های مختلف در تاکسا های (گروه ها) مختلف را طبقه بندی می کنند. این ها بعدا بسته به شباهت های بیولوژیکی با هم دسته بندی می شوند.

هر درخت فیلوژنتیک از یکسری انشعاباتی با نام ریشه، شاخه، گره و نوک تشکیل شده است. ریشه نشانگر جد مشترک و قدیمی همه ی گروه ها می باشد. هر شاخه نماینده ی یک گونه و گره ها در واقع محلی هستند که دو گونه از هم جدا می شوند.

به منظور رسم یک درخت فیلوژنتیک ابتدا بایستی توالی ژن مورد مطالعه را از پایگاه های داده ی مناسب آن گونه بدست آوریم. یکی از نرم افزارهایی که به منظور آنالیزهای فیلوزنتیک تعبیه شده است نرم افزار Mega می باشد که توالی بدست آمده از موجود مورد مطالعه را در آن وارد می کنیم و اقدام به هم ردیفی توالی های مورد مطالعه می نماییم. در مرحله ی بعد با توجه به نوع مطالعه ی مورد نظر می توانیم انواع روش های رسم درخت که مناسب مطالعه‌ی ماست را انتخاب و درخت فیلوژنی را رسم نماییم. از جمله مهم ترین الگوریتم ها به منظور رسم درخت فیلوژنتیک می توان به روش UPGMA، Neighbour-joining(NJ)، Maximum parsimony (MP) و Maximum-likelihood (ML) اشاره نمود.