http://yetl.yabesh.ir/yetl1/handle/yetl/4290643 Fri, 06 Nov 2026 00:10:58 GMT 2026-11-06T00:10:58Z https://localhost:443/yetl-admin/bitstream/id/440249/ http://yetl.yabesh.ir/yetl1/handle/yetl/4290643 http://yetl.yabesh.ir/yetl1/handle/yetl/4290659 تعیین هویت مولکولی ویروس نیوکاسل در سندروم تنفسی گله های گوشتی استان اصفهان آقازاده از زمان چارلز داروین، آرزوی بسیاری از بیولوژیست ها بود که بتوانند تاریخچه‌ی تکاملی همه‌ی ارگانیسم های روی کره ی زمین را بازسازی کرده و به فرم درخت تکاملی بیان کنند. فیلوژنی از فواصل تکاملی و یا روابط تکاملی، به منظور طبقه بندی ارگانیسم ها (تاکسونومی) بهره می برد. تا زمانی که انسان توانایی توالی یابی ژنوم را نداشت، کنار هم چیدن گونه ها برای رسم روابط تکاملی به دشواری و با دقت کمتری انجام می پذیرفت. قبل از این که درخت های فیلوژنی بر پایه اصول ژنومیک ترسیم شوند، دانشمندان با توجه به ویژگی های مورفولوژیکی جانداران و فسیل های باقی مانده از آن ها جداول تکاملی رسم کرده و تقدم-تأخر تکاملی را مورد بررسی قرار می دادند. اما پس از فراهم شدن روش های توالی یابی ژنوم در سطوح DNA و RNA، فرضیه ها و نظریه های مختلف بر اساس شواهد عینی رد یا پذیرفته شدند. روابط فیلوژنتیک بین ارگانیسم ها بوسیله‌ی درجه و نوع فواصل تکاملی تعیین می گردد. برای درک بهتر این موضوع، بایستی با مفهوم تاکسونومی آشنا شویم. تاکسونومی علم نامگذاری، دسته بندی و توصیف ارگانیسم ها می باشد. تاکسونومیست ها ارگانیسم های مختلف در تاکسا های (گروه ها) مختلف را طبقه بندی می کنند. این ها بعدا بسته به شباهت های بیولوژیکی با هم دسته بندی می شوند. هر درخت فیلوژنتیک از یکسری انشعاباتی با نام ریشه، شاخه، گره و نوک تشکیل شده است. ریشه نشانگر جد مشترک و قدیمی همه ی گروه ها می باشد. هر شاخه نماینده ی یک گونه و گره ها در واقع محلی هستند که دو گونه از هم جدا می شوند. به منظور رسم یک درخت فیلوژنتیک ابتدا بایستی توالی ژن مورد مطالعه را از پایگاه های داده ی مناسب آن گونه بدست آوریم. یکی از نرم افزارهایی که به منظور آنالیزهای فیلوزنتیک تعبیه شده است نرم افزار Mega می باشد که توالی بدست آمده از موجود مورد مطالعه را در آن وارد می کنیم و اقدام به هم ردیفی توالی های مورد مطالعه می نماییم. در مرحله ی بعد با توجه به نوع مطالعه ی مورد نظر می توانیم انواع روش های رسم درخت که مناسب مطالعه‌ی ماست را انتخاب و درخت فیلوژنی را رسم نماییم. از جمله مهم ترین الگوریتم ها به منظور رسم درخت فیلوژنتیک می توان به روش UPGMA، Neighbour-joining(NJ)، Maximum parsimony (MP) و Maximum-likelihood (ML) اشاره نمود. Tue, 11 Apr 2023 00:00:00 GMT http://yetl.yabesh.ir/yetl1/handle/yetl/4290659 2023-04-11T00:00:00Z http://yetl.yabesh.ir/yetl1/handle/yetl/4290648 آموزش نرم افزار مگا (Mega) برای ترسیم درخت فیلوژنتیک فاضلی نسب, بهمن نرم افزار مگا یکی از نرم افزار های فوق العاده و پرکاربرد بیوانفورماتیک است که جهت آنالیز فیلوژنتیکی توالی های DNA و پروتئینی و ترسیم درخت های فیلوژنتیکی مورد استفاده قرار می گیرد. نحوه کار کردن با این نرم افزار را در ویدئوی ضمیمه شده آموزش نرم افزار مگا مشاهده نمایید. Tue, 11 Apr 2023 00:00:00 GMT http://yetl.yabesh.ir/yetl1/handle/yetl/4290648 2023-04-11T00:00:00Z http://yetl.yabesh.ir/yetl1/handle/yetl/4290647 نرم افزار Mega6 جنگجوی لوحه سرایی, گیتا; شایق, جلال در این پژوهش، بررسی فیلوژنتیک روابط بین 5 ویروس تعیین توالی شده با استفاده از نرم افزار Meg6 مورد ارزیابی قرار گرفت. بدین منظور ابتدا توالی های مورد نظر در نرم افزار CLUSTALX نمونه ها مورد Alinment قرارگرفته و درنهایت درختچه های فیلوژنی به صورت درختچه neighbour joining رسم گردید. Tue, 11 Apr 2023 00:00:00 GMT http://yetl.yabesh.ir/yetl1/handle/yetl/4290647 2023-04-11T00:00:00Z http://yetl.yabesh.ir/yetl1/handle/yetl/4290646 درختچه فیلوژنتیک بر اساس توالی ژن F رسم شده توسط برنامه Mega6 جنگجوی لوحه سرایی, گیتا; شایق, جلال بررسی فیلوژنتیک روابط بین 5 ویروس تعیین توالی شده با استفاده از نرم افزار Meg6 مورد ارزیابی قرار گرفت. بدین منظور ابتدا توالی های مورد نظر در نرم افزار CLUSTALX نمونه ها مورد Alinment قرارگرفته و درنهایت درختچه های فیلوژنی به صورت درختچهneighbour joining رسم گردید. تعداد 5 نمونه از نمونه های مثبت گزارش شده شهرستان های اصفهان، اردستان، کاشان و نطنز مورد توالی یابی قرار گرفتند که نتایج حاصل تعلق 2 نمونه تعیین توالی شده به ژنوتیپ VII و تحت ژنوتیپ VIIl نشان می دهد. 3 نمونه دیگر جزو ژنوتیپ II می باشند . Tue, 11 Apr 2023 00:00:00 GMT http://yetl.yabesh.ir/yetl1/handle/yetl/4290646 2023-04-11T00:00:00Z